组织特异性基因是指在某种组织特异性高表达的基因,它代表了组织独特的生理功能。然而,对肿瘤发生发展过程中,组织异性基因的变化特点我们知之甚少。基于TCGA数据库,本研究从12种组织类型中筛选了组织特异性基因。我们发现在这12种组织类型中,肝脏特异性基因的数目最多。我们进一步研究了肝脏特异性基因的特性,发现大部分肝脏特异性基因都是代谢相关的基因,且在肝癌组织中表达下调。肝脏特异性基因和肝癌的病理分期及去分化密切相关。高甲基化可能是肝癌中肝脏特异性基因表达量下调的重要机制之一。此外,我们构建了一个肝脏特异性基因集,并证实在TCGA和GEO数据集中该基因集和肝癌患者的预后密切相关。我们还发现,肝癌和正常组织的差异程度可以作为衡量肝癌患者预后及肿瘤恶性程度的新尺标:肝癌离正常肝脏的距离越远,恶性程度越高,肿瘤患者预后越差。本研究有助于我们筛选肝癌预后相关的生物标记,加强我们对肝癌发生发展机制的理解。
Li B, Xu T, Liu C, Meng G, Sun Y, Qian L, Wang S, Wei J, Yu D, Ding Y. Liver-enriched Genes are Associated with the Prognosis of Patients with Hepatocellular Carcinoma. Sci Rep. 2018 Jul 25;8(1):11197.
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