肠衰竭患者出现肠外营养并发症是小肠移植的适应证。肠外营养并发症：出现肝功能衰竭、2个或2个以上的中心静脉栓塞、每年出现2次或2次以上需要住院治疗的中心静脉导管相关性血液感染、每年1次导管真菌性感染或感染性休克或急性呼吸窘迫综合征(ARDS)及频繁出现的严重脱水。

肝肠联合移植除了需具上述小肠移植的适应证外，还必须存在肝功能的损害，如PNALD、明显的门静脉高压、不可逆的肝细胞损害及肠系膜与门静脉血栓形成。